Обычно через 5—10 лет, а иногда позднее, после заражения сифилисом начинается третичный период болезни. Однако он не является неминуемым завершением заболевания даже в том случае, когда больной не получил полноценного лечения или вообще не лечился. Данные исследований показывают, что частота перехода сифилиса в третичную стадию колеблется в значительных пределах (от 5 до 40 %). В последние десятилетия третичный сифилис наблюдается редко.

Считают, что основными причинами появления признаков третичного сифилиса становятся тяжелые сопутствующие заболевания, хронические интоксикации, травмы, переутомление, неполноценное питание, алкоголизм, иммунодефицитные состояния и др.

В третичном периоде могут поражаться кожа, слизистые оболочки, нервная и эндокринная системы, кости, суставы, внутренние органы (сердце, аорта, легкие, печень), глаза, органы чувств.

Различают манифестную (активную) стадию третичного сифилиса и скрытую (латентную). Манифестная стадия сопровождается явными признаками сифилиса, скрытая — характеризуется наличием остаточных признаков (рубцы, изменения костей и др.) активных проявлений заболевания.

В этом периоде сифилиса очаги поражений практически не содержат возбудителя, поэтому они не заразны. Обычно возникают бугорки или гуммы, склонные к распаду, изъязвлению. Они оставляют после себя рубцы или рубцовую атрофию. Третичные сифилиды размещаются группами в одной области, не сопровождаются лимфаденитом. Поверхностно расположенные в коже бугорки могут группироваться в форме дуг, колец, гирлянд и, регрессируя, оставляют после себя характерные атрофические рубцы (бурые пятна с явлениями атрофии) с причудливым рисунком, напоминающим мозаику. Глубоко расположенные бугорки (гуммы), исходящие из подкожной клетчатки, достигают большой величины. Они могут рассасываться, но чаще распадаются, превращаясь в глубокие, неправильной формы язвы. Гуммы могут появляться в любом органе.

Заболевание может сопровождаться поражением жизненно важных органов (крупных сосудов, печени, почек, мозга и др.), часто встречаются выраженные изменения со стороны нервной системы. Третичный сифилис может привести к инвалидности (глухота, потеря зрения вследствие атрофии зрительных нервов) и даже к летальному исходу.